agentic-pymol

Agentic PyMOL 是一个轻量级 Model Context Protocol（MCP）服务器，将本地 PyMOL 分子可视化软件封装为类型安全的工具接口，供支持 MCP 的 AI 代理（如 Claude Code/Desktop、Codex）调用。它通过双向通信实现自然语言指令驱动的结构操作：加载/对齐蛋白、计算 RMSD、识别残基接触、渲染图像、提取坐标与序列等，并返回结构化数据而非文本日志。项目不替代 PyMOL 工作流，而是复用用户现有 PyMOL 安装（2.6+），专注分子结构分析场景，适用于计算生物学、药物设计及结构生物信息学中需 AI 协同完成重复性可视化与几何分析的任务。