Bioinfo-collinearity-kaks-pipeline

这是一个面向比较基因组学的可复现生信分析流程模板，专用于种内或种间基因组的共线性（synteny）与Ka/Ks选择压力分析。核心功能包括：基于GFF/GFF3和蛋白FASTA文件自动生成MCScanX输入、调用DIAMOND进行全基因组蛋白比对、支持MCScanX/TBtools共线性识别、精准筛选目标基因关联的共线性基因对，并提取CDS序列完成Ka/Ks计算与选择压力分类。流程采用模块化Python脚本+Shell命令组合，强调数据隔离与配置驱动，适用于植物、动物等真核生物的分子进化研究及基因家族扩张/收缩分析。