Bioinfo-collinearity-kaks-pipeline

该项目提供了一个用于比较基因组学中共线性分析和Ka/Ks分析的可复现生物信息学流程模板。核心功能包括从GFF/GFF3注释文件和蛋白FASTA序列文件生成MCScanX输入、使用DIAMOND进行全基因组蛋白自比对、利用MCScanX/TBtools执行共线性分析、筛选目标基因相关的共线性基因对以及提取候选基因对的CDS序列以进行Ka/Ks选择压力分析。该模板适用于需要在种内或种间水平上研究基因组共线性和分子进化机制的研究场景，如遗传育种、物种起源与分化等领域。整个流程采用Python编写，并辅以Shell脚本支持，确保了高度的灵活性和可扩展性。